מתוך כלל הפריטים באוסף העופות, מאות אחדות מתוכם הם פוחלצים. בתהליך הפחלוץ, לאחר הסרת הרקמות הרכות והאיברים הפנימיים מעצבים ומציבים את שרידי העוף בתנוחה אשר מדמה את מצבו כשהיה בחיים. לעתים הפוחלץ מעוצב כך שהוא נאחז בענף או עומד על גזע, או שהוא בתנוחה של צעידה עם רגל אחת מורמת ואחת מונחת על הקרקע. את העיניים מחליפים בתותבות עשויות פלסטיק או זכוכית. לעתים, העוף מעוצב עם כנפיים פרושות לרווחה, כאילו עומד להמריא או שזה מקרוב נחת ממצב של תעופה. חלק מן הפוחלצים באוסף העופות של האוניברסיטה העברית הוכנו בידיו המיומנות של פרופ' ישראל אהרוני עצמו, לפני למעלה ממאה שנים, והם עדיין מרשימים ויפים. 

רובם נשמרים בתוך ארונות סגורים על מדפים או בתוך מגירות עמוקות, חלקם מוצבים על שולחנות ומדפים בחלל האוסף, כולם תחת משטר קפדני של בקרת אקלים השומרת על טמפרטורה ולחות אוויר שנועדו להגן על הפוחלצים ופריטים אחרים מפני פגעי הזמן ומזיקים בפוטנציה. 

מרבית הפריטים באוסף העופות, למעלה מאלף יחידות, הם עורות שעברו הכנה (פרפרציה) הכוללת הסרה של הרקמות הרכות והאיברים הפנימיים, ייבוש והמלחה שנועדו לשמר את הנוצות והעור. בארובות העיניים מוכנס צמר כותנה במקום העיניים. במרבית הפריטים, מושחל מקל ארוך עשוי עץ, אשר מאפשר לבחון את הפריט בלי לגעת בנוצות או בעור וכך הם נשמרים טוב יותר מפני פגעי הזמן וסכנת זיהום ולכלוך מאצבעות אנושיות. צורת הכנה זו מכונה לעתים בכינוי החיבה "קרטיבים" בשל הדימיון החזותי לממתק הקפוא... 

רובם נשמרים בתוך ארונות סגורים או בתוך מגירות, חלקם אף בתוך שקיות אישיות ובתוך קופסאות קרטון. כולם תחת משטר קפדני של בקרת אקלים השומרת על טמפרטורה ולחות אוויר שנועדו להגן על העורות ופריטים אחרים מפני פגעי הזמן ומזיקים בפוטנציה. 

אוסף הביצים כולל עשרות רבות של ביצי עופות, אשר נאספו במהלך שנים רבות על ידי חוקרים בשטח. הכנת הביצים לשמירה באוסף כוללת הורקה של כל התוכן שלה, שטיפה של חלל הביצה המרוקנת וייבוש שלו על מנת למנוע רקבון וריחות רעים בהמשך. הביצים לאחר ההכנה נשמרות בתוך תיבות עץ מחולקות לתאים, עם ריפוד נדיב של צמר כותנה, או בתוך קופסאות קטנות (כאשר בכל קופסה ביצה או שתיים) עם חזית זכוכית אשר מאפשרת צפייה ובחינה של הביצה בלי הזזה או הוצאה מן האריזה המגוננת. בדרך-כלל לכל ביצה או זוג ביצים מוצמד פתק עם מידע לגבי מין העוף ממנו הגיעו הביצים, מקום ומועד האיסוף.